Analýza genetických variant asociovaných s mentální retardaci a poruchami autistického spektra s využitím sekvenování nové generace

Poskytovatel

Ministerstvo zdravotnictví

Program

Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2015 - 2023

Veřejná soutěž

Zdravotnický AV 3 (SMZ0201701)

Hlavní účastníci

Univerzita Karlova / 2. lékařská fakulta

Druh soutěže

VS - Veřejná soutěž

Číslo smlouvy

17-29423A

Název projektu anglicky

Analysis of genetic variants associated with intellectual disability and autism spectrum disorders using next generation sequencing

Anotace anglicky

From the genetics perspective intellectual disability and autism spectrum disorders are a large heterogeneous group of rare diseases. Exomes will be sequenced in about 100 families with sporadic or familial occurrence of affected children. Variants will be evaluated using all inheritance models and criteria for pathogenicity. Variants in validated causal genes will be found and used clinically in the families. For variants in candidate genes, other patients with variants in the genes will be searched in other cohorts worldwide. Their existence, phenotypic similarity and functional studies can lead to validation of new causal genes. New patients with variants in rarely mutated genes contribute to the genotype-phenotype correlation. A database of common Czech benign population variants will be assembled. Analyses of gene panels, exomes and genomes will be compared. Optimisation of extant pipelines and other experience gained in the research setting (informed consent, attitudes towards uncertainty, incidentalome etc.) will help in the implementation of these methods in routine practi...

Kategorie VaV

AP - Aplikovaný výzkum

CEP - hlavní obor

EB - Genetika a molekulární biologie

CEP - vedlejší obor

—

CEP - další vedlejší obor

—

OECD FORD - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Hodnocení poskytovatelem

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Zhodnocení výsledků projektu

Projekt byl zaměřen na komplexní téma problematiky mentálních retardací, onemocnění autistického spektra a neuro-vývojové poruchy, kde se předpokládá významná úloha genetického pozadí společně s vývojovými faktory a faktory zevního prostředí. Bylo testováno celkem 144 rodin (oproti původně plánovaným 100) a analyzovány výsledky vyšetření 384 pacientů v rámci mezinárodní spolupráce. Celkový záchyt genetických příčin byl 49%. Dosažený výsledek je v korelaci s publikovanými daty. Provedená genetická analýza detekovala varianty známých kauzálních genů, ale hlavně nové varianty a mutace genů asociovaných s uvedenými poruchami. Projekt pomohl k detekci nových klinických jednotek (mutace RALA, POL2RA, NKAP, PRR12) a zlepšení klasifikace již dříve popsaných klinických entit. Význam a hodnotu výsledků dokládá množství publikovaných prací v renomovaných a vysoce ceněných zahraničních časopisech. V souvislosti s řešením projektu byla prohloubena významná mezinárodní spolupráce, která je zásadní

Zahájení řešení

1. 4. 2017

Ukončení řešení

31. 12. 2020

Poslední stav řešení

U - Ukončený projekt

Poslední uvolnění podpory

28. 6. 2018

Důvěrnost údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Systémové označení dodávky dat

CEP21-MZ0-NV-U/03:1

Datum dodání záznamu

25. 6. 2021

Celkové uznané náklady

11 653 tis. Kč

Výše podpory ze státního rozpočtu

11 653 tis. Kč

Ostatní veřejné zdroje financování

0 tis. Kč

Neveřejné tuz. a zahr. zdroje finan.

0 tis. Kč