Klasifikace variant nejasného významu nádorových predispozičních genů na základě NGS analýzy jejich dopadu na sestřih pre-mRNA

Poskytovatel
Ministerstvo zdravotnictví
Program
Program na podporu zdravotnického aplikovaného výzkumu na léta 2015 - 2023
Veřejná soutěž
Zdravotnický AV 4 (SMZ0201800001)
Hlavní účastníci
Univerzita Karlova / 1. lékařská fakulta
Druh soutěže
VS - Veřejná soutěž
Číslo smlouvy
NV18-03-00024

Název projektu anglicky
Classification of variants of unknown significance in cancer susceptibility genes by the multiplex PCR/NGS-based analysis of their impact on pre-mRNA splicing
Anotace anglicky
Clinical management that enables efficient cancer prevention in carriers of germ-line alterations in cancer susceptibility genes requires and unequivocal characterization of the pathogenic mutation. Current cancer predisposition analyses reveal many variants of unknown clinical significance (VUS) which complicate the clinical interpretation of results. The VUS that change splicing of corresponding gene product may be considered as pathogenic. Our project aims to identify splicing alterations in carriers of VUS in genes predisposing to breast and ovarian cancer (CHEK2, PALB2, NBN, TP53, RAD51C/D, MLH1, MSH2/6, BRIP1). First, we aim to perform a comprehensive characterization of naturally occurring splicing variants of analyzed genes in normal lymphocytes, mammary and adipose tissues from non-cancer individuals using multiplex (m)PCR/next generation sequencing (NGS) analysis. Subsequently, the analyses of RNA from carriers of VUS will enable to characterize the qualitative (fragment analysis, mPCR/NGS) and quantitative (qPCR) changes in splicing pattern of corresponding genes.

Kategorie VaV
AP - Aplikovaný výzkum
OECD FORD - hlavní obor
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - vedlejší obor
30204 - Oncology
OECD FORD - další vedlejší obor
—
CEP - odpovídající obory <br>(dle <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">převodníku</a>)
EB - Genetika a molekulární biologie<br>FD - Onkologie a hematologie

Hodnocení poskytovatelem
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Zhodnocení výsledků projektu
Byly splněny vědecké cíle projektu, a to jak identifikace nativně se vyskytujících alternativních sestřihových variant (ASV) u nádorových predispozičních genů, tak i identifikace aberantního/normálního nálezu u nosičů zárodečných variant potenciálně postihujících sestřih mRNA. Získané nové informace byly využity při samotné analýze genového materiálu a také i ve vývoji nových algoritmů pro jejich analýzu. V rámci projektu byly publikované 3 práce v Jimp s vicečetnými dedikacemi AZV projektům, jedna Jimp práce s unikátní dedikací. Publikace jsou velmi dobré kvality a mají potenciál získat v rámci vědecké komunity dostatečný ohlas a ovlivnit stav poznání. Další práce jsou zatím v přípravě. V závěrečné zprávě je uvedena jedna práce související s projektem bez dedikace tomuto AZV grantu. Částečně byly splněny publikační výstupy v kategorii Jsc.

Důvěrnost údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Systémové označení dodávky dat
CEP22-MZ0-NV-U
Datum dodání záznamu
30. 6. 2022

Podobné projekty(10)