Validation of the beta-amy1 Transcription Profiling Assay and Selection of Reference Genes Suited for a RT-qPCR Assay in Developing Barley Caryopsis
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F12%3A00002211" target="_blank" >RIV/00027006:_____/12:00002211 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/25328859:_____/12:#0000654
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0041886" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0041886</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0041886" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0041886</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Validation of the beta-amy1 Transcription Profiling Assay and Selection of Reference Genes Suited for a RT-qPCR Assay in Developing Barley Caryopsis
Popis výsledku v původním jazyce
Reverse transcription coupled with real-time quantitative PCR (RT-qPCR) is a frequently used method for gene expression profiling. Reference genes (RGs) are commonly employed to normalize gene expression data. A limited information exist on the gene expression and profiling in developing barley caryopsis. Expression stability was assessed by measuring the cycle threshold (Ct) range and applying both the GeNorm (pair-wise comparison of geometric means) and Normfinder (model-based approach) principles forthe calculation. Here, we have identified a set of four RGs suitable for studying gene expression in the developing barley caryopsis. These encode the proteins GAPDH, HSP90, HSP70 and ubiquitin. We found a correlation between the frequency of occurrenceof a transcript in silico and its suitability as an RG. This set of RGs was tested by comparing the normalized level of beta-amylase (beta-amy1) transcript with directly measured quantities of the BMY1 gene product in the developing barl
Název v anglickém jazyce
Validation of the beta-amy1 Transcription Profiling Assay and Selection of Reference Genes Suited for a RT-qPCR Assay in Developing Barley Caryopsis
Popis výsledku anglicky
Reverse transcription coupled with real-time quantitative PCR (RT-qPCR) is a frequently used method for gene expression profiling. Reference genes (RGs) are commonly employed to normalize gene expression data. A limited information exist on the gene expression and profiling in developing barley caryopsis. Expression stability was assessed by measuring the cycle threshold (Ct) range and applying both the GeNorm (pair-wise comparison of geometric means) and Normfinder (model-based approach) principles forthe calculation. Here, we have identified a set of four RGs suitable for studying gene expression in the developing barley caryopsis. These encode the proteins GAPDH, HSP90, HSP70 and ubiquitin. We found a correlation between the frequency of occurrenceof a transcript in silico and its suitability as an RG. This set of RGs was tested by comparing the normalized level of beta-amylase (beta-amy1) transcript with directly measured quantities of the BMY1 gene product in the developing barl
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
GE - Šlechtění rostlin
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA521%2F07%2F1028" target="_blank" >GA521/07/1028: Analýza exprese genu kódujícího enzym beta-amylázu v zrnu ječmene ve vztahu ke strukturálnímu polymorfismu genu a kvalitativním vlastnostem zrna</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLoS One
ISSN
1932-6203
e-ISSN
—
Svazek periodika
7
Číslo periodika v rámci svazku
7
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
1
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000307045600044
EID výsledku v databázi Scopus
—