Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F07%3A00019063" target="_blank" >RIV/00216224:14110/07:00019063 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Kompletní genomová sekvenace kmene Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D: srovnání pyrosekvencování a komparativní genomové sekvenace
Popis výsledku v původním jazyce
Původce tropického kožního onemocnění yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue, je na úrovni DNA blízce příbuzná kmeni Treponema pallidum ssp. pallidum Nichols. Sekvenace genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencováním (454 Life Sciences). Metoda CGS umožňuje sekvenaci blízce příbuzných mikrobiálních genomů na základě znalosti referenčního genomu (genom syfilitického kmene Nichols). Pyrosekvencování je metoda umožňující de novo sekvenaci celého mikrobiálního genomu. Touto metodou bylo získáno celkem 29 výsledných kontigů s 29 mezerami (1-3344 bp). Sekvence získané CGS a pyrosekvencováním byly porovnány pomocí softwaru Lasergene a bylo odhaleno 512 odlišností převážně charakteru jednonukleotidových polymorfismů (tedy jednonukleotidových substitucí SNP, jednonukleotidových delecí nebo inzercí). Sekvence v těchto oblastech bylo navrženo ověřit pomocí sekvenace 345 individuálních PCR produktů.
Název v anglickém jazyce
Whole genome sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: comparison of pyrosequencing and comparative genome sequencing
Popis výsledku anglicky
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws, is at the DNA level closely related to Treponema pallidum ssp. pallidum strain Nichols. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparativegenome sequencing (CGS) and pyrosequencing (454 Life Sciences) were used. The CGS method is used for sequencing of closely related microbial genomes based on the sequence of the reference genome (Nichols genome).
Klasifikace
Druh
O - Ostatní výsledky
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2007
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů