Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F08%3A00024753" target="_blank" >RIV/00216224:14110/08:00024753 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Popis výsledku v původním jazyce
Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS,NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. CGS umožňuje sekvenaci na základě hybridizace. Pyrosekvencování a Solexa umožňují sekvenaci na základě real time detekce inkorporace nukleotidů při polymerázové reakci. Kombinacísekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sangerovo sekvencování bylo použito pro sekvenaci paralogních a repetitivních oblast
Název v anglickém jazyce
Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.
Popis výsledku anglicky
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws can not be morphologically, serologically nor immunologically distinguished from subspecies pallidum, the causative agent of venereal disease syphilis. To elucidate genetic background of the differences in clinical manifestations of both diseases, complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue was determined. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS, NimbleGen), pyrosequencing (454 Life Sciences) and Solexa sequencing technology were used. The CGS method is based on hybridization. Pyrosequencing and Solexa technology are based on real time detection of nucleotide incorporation during polymerase reaction. Sequences of all three methods and the reference dideoxynucleotide method were combined to create the complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue Samoa D. Dideoxynucleotide method was used for sequencing of paralogous and re
Klasifikace
Druh
O - Ostatní výsledky
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů