Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F08%3A00024753" target="_blank" >RIV/00216224:14110/08:00024753 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    čeština

  • Název v původním jazyce

    Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS,NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. CGS umožňuje sekvenaci na základě hybridizace. Pyrosekvencování a Solexa umožňují sekvenaci na základě real time detekce inkorporace nukleotidů při polymerázové reakci. Kombinacísekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sangerovo sekvencování bylo použito pro sekvenaci paralogních a repetitivních oblast

  • Název v anglickém jazyce

    Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.

  • Popis výsledku anglicky

    Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws can not be morphologically, serologically nor immunologically distinguished from subspecies pallidum, the causative agent of venereal disease syphilis. To elucidate genetic background of the differences in clinical manifestations of both diseases, complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue was determined. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS, NimbleGen), pyrosequencing (454 Life Sciences) and Solexa sequencing technology were used. The CGS method is based on hybridization. Pyrosequencing and Solexa technology are based on real time detection of nucleotide incorporation during polymerase reaction. Sequences of all three methods and the reference dideoxynucleotide method were combined to create the complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue Samoa D. Dideoxynucleotide method was used for sequencing of paralogous and re

Klasifikace

  • Druh

    O - Ostatní výsledky

  • CEP obor

    EB - Genetika a molekulární biologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2008

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů