Využití real-time PCR pro detekci Yersinia enterocolitica ve vzorcích rostlinného původu

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F15%3A00098114" target="_blank" >RIV/00216224:14310/15:00098114 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Využití real-time PCR pro detekci Yersinia enterocolitica ve vzorcích rostlinného původu

Popis výsledku v původním jazyce

Úvod Rod Yersinia zahrnuje okolo 11 nepatogenních a patogenních druhů včetně Y. pestis, Y. pseudotuberculosis a Y. enterocolitica. Tyto tři bakterie jsou fakultativními intracelulárními patogeny charakteristické řadou faktorů virulence. Yersinia enterocolitica je původcem alimentárních infekcí přenášených fekálně-orální cestou. Především u malých dětí a předškoláků je výskyt yersiniózy charakteristický akutním zánětem střev (enteritidou), která bývá doprovázena horečkou a průjmy. Cílem této studie bylo zjistit pomocí metod molekulární biologie výskyt Yersinií na povrchu potravin rostlinného původu určených ke přímé spotřebě, neboť tato komodita může být z pohledu mikrobiologické bezpečnosti potravin riziková. Materiál a metody V této studii byly vyšetřeny vzorky krájené a mražené zeleniny (197) a drobného ovoce (141) z tržní sítě. Optimalizovanými postupy zahrnujícími oplach, homogenizaci a centrifugací byly získány pelety obsahující bakteriální kontaminaci vyskytující se na povrchu zpracovaného vzorku (použito 100g rostlinného vzorku pro oplach). DNA z této pelety byla izolována pomocí soupravy Power soil DNA isolation kit (MoBio,USA) dle postupu výrobce mírně modifikovaným o mechanickou homogenizaci v přístroji Magnalyser za použití zirkoniových kuliček (0,1 mm). Vlastní detekce patogenní Y. enterocolitica byla provedena pomocí druhově specifické qPCR, která je cílená na gen ompF (výskyt ve všech zástupcích rodu Yersinia) a gen ail (faktor virulence patogenní Y. enterocolitica). Výsledky Pro hodnocení výskytu Y. enterocolitica ve vzorcích bylo použito celkem 338 vzorků zeleniny a drobného ovoce. Z tohoto bylo 43 vzorků (12,7 %) pozitivních na přítomnost bakterií rodu Yersinia. Ve dvaceti čtyřech vzorcích (7 %) byla detekována Yersinia spp. a v devatenácti vzorcích (5,6 %) byla pomocí qPCR detekována patogenní Yersinia enterocolitica.

Název v anglickém jazyce

Using real-time PCR for detection of Yersinia enterocolitica in samples of vegetable origin

Popis výsledku anglicky

Introduction Genus Yersinia includes about 11 non-pathogenic and pathogenic species including Y. pestis, Y. pseudotuberculosis and Y. enterocolitica. These three bacteria are facultative intracellular pathogens characterized by a number of virulence factors. Yersinia enterocolitica is the cause of food infections transmitted via the faecal-oral route. Especially for young children and preschoolers, the occurrence of yersiniosis is characterized by acute enteritis, which is accompanied by fever and diarrhea. The aim of this study was to find out the occurrence of yersinias using molecular biology methods on the surface of foods of plant origin intended for direct consumption. This commodity may be risky from the point of view of food microbiological safety. Material and methods In this study, samples of sliced and frozen vegetables (197) and small fruit (141) from the market were examined. Using optimized procedures involving rinsing, homogenization and centrifugation were yielded pellets containing bacterial contamination present on the surface of the processed sample (100 g of rinse sample). The DNA from this pellet was isolated using a Power soil DNA isolation kit (MoBio, USA) according to a manufacturer's procedure slightly modified for mechanical homogenization in a Magnalyser using 0.1 mm zirconia beads. The actual detection of pathogenic Y. enterocolitica was performed using a species-specific qPCR targeting the ompF gene (occurrence in all Yersinia species) and the ail gene (the virulence factor of the pathogenic Y. enterocolitica). Results A total of 338 samples of vegetables and small fruits were used to evaluate the occurrence of Y. enterocolitica in the samples. Of these, 43 samples (12.7%) were positive for the presence of bacteria of genus Yersinia. Twenty-four samples (7%) were positive for the presence of Yersinia spp. and in nineteen samples (5.6%) pathogenic Yersinia enterocolitica was detected using qPCR.

Druh

O - Ostatní výsledky

CEP obor

—

OECD FORD obor

10600 - Biological sciences

Projekt

—

Návaznosti

S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2015

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů