Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

In Silico Mutagenesis and Docking Study of Ralstonia solanacearum RSL Lectin: Performance of Docking Software To Predict Saccharide Binding

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14740%2F12%3A00057427" target="_blank" >RIV/00216224:14740/12:00057427 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci200529n" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci200529n</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/ci200529n" target="_blank" >10.1021/ci200529n</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    In Silico Mutagenesis and Docking Study of Ralstonia solanacearum RSL Lectin: Performance of Docking Software To Predict Saccharide Binding

  • Popis výsledku v původním jazyce

    In this study, in silico mutagenesis and docking in Ralstonia solanacearum lectin (RSL) were carried out, and the ability of several docking software programs to calculate binding affinity was evaluated. In silico mutation of six amino acid residues (Agr17, Glu28, Gly39, Ala40, Trp76, and Trp81) was done, and a total of 114 in silico mutants of RSL were docked with Me-a-l-fucoside. Our results show that polar residues Arg17 and Glu28, as well as nonpolar amino acids Trp76 and Trp81, are crucial for binding. Gly39 may also influence ligand binding because any mutations at this position lead to a change in the binding pocket shape. The Ala40 residue was found to be the most interesting residue for mutagenesis and can affect the selectivity and/or affinity. In general, the docking software used performs better for high affinity binders and fails to place the binding affinities in the correct order.

  • Název v anglickém jazyce

    In Silico Mutagenesis and Docking Study of Ralstonia solanacearum RSL Lectin: Performance of Docking Software To Predict Saccharide Binding

  • Popis výsledku anglicky

    In this study, in silico mutagenesis and docking in Ralstonia solanacearum lectin (RSL) were carried out, and the ability of several docking software programs to calculate binding affinity was evaluated. In silico mutation of six amino acid residues (Agr17, Glu28, Gly39, Ala40, Trp76, and Trp81) was done, and a total of 114 in silico mutants of RSL were docked with Me-a-l-fucoside. Our results show that polar residues Arg17 and Glu28, as well as nonpolar amino acids Trp76 and Trp81, are crucial for binding. Gly39 may also influence ligand binding because any mutations at this position lead to a change in the binding pocket shape. The Ala40 residue was found to be the most interesting residue for mutagenesis and can affect the selectivity and/or affinity. In general, the docking software used performs better for high affinity binders and fails to place the binding affinities in the correct order.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CE - Biochemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2012

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Chemical Information and Modeling

  • ISSN

    1549-9596

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    52

  • Číslo periodika v rámci svazku

    5

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    1250-1261

  • Kód UT WoS článku

    000304385700017

  • EID výsledku v databázi Scopus