PCR identification of the E.coli strains competent for production of putrescine and cadaverine

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F26788462%3A_____%2F10%3A%230000375" target="_blank" >RIV/26788462:_____/10:#0000375 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

slovinština

Název v původním jazyce

Stanovenie kmeňov E.coli schopných produkcie putrescínu a kadaverínu s pomocou metód PCR

Popis výsledku v původním jazyce

V prezentovanej práci boli s pomocou metód PCR investigované gény ornitín (speC) a lyzín (cadA) dekarboxylázy v skupine izolátov E. coli. Testovanú skupinu kmeňov predstavovalo 30 kmeňov E. coli izolovaných zo surového kravského, ovčieho a kozieho mliekaa syra, vzorky pochádzali z viacerých fariem. Na porovnanie sekvencií skúmaných génov a na analýzu konzervovaných domén a štruktúry proteínov boli použité programy ClustalW a BLAST. Analýza dostupných sekvencií génu speC odhalila existenciu génu pre speC izozým, ktorého nukleotidové usporiadanie vykazovalo homológiu v intervale 66?98% v porovnaní so sekvenciou speC. Rovnako v prípade génu cadA sme zaznamenali existenciu dvoch skupín sekvencií s homológiou približne 60 % (GenBank, cadA1, cadA2). Na základe týchto faktov sme navrhli a optimalizovali doplnkové PCR testy. 77% kmeňov bolo pozitívnych na speC, 73% na prítomnosť génu speC izozým, 60% na cadA1 a 53% na cadA2 PCR test. Produkcia jednotlivých amínov v testovaných vzorkách bola ú

Název v anglickém jazyce

PCR identification of the E.coli strains competent for production of putrescine and cadaverine

Popis výsledku anglicky

In our study, the ornithine (speC) and lysine (cadA) decarboxylase genes were investigated in E. coli strains using the PCR methods. 30 E. coli strains isolated from raw cow, sheep and goat bulk milk samples and cheeses obtained from different farms wereevaluated. The alignment of the multiple sequences and analysis of conserved domains in the studied genes was carried out using ClustalW and BLAST programs. Analysis of the sequence sources for the speC gene revealed existence of speC isosyme, featuredwith homology between the 66?98 % compared to the speC nucleotide alignment. Also, in the case of cadA gene, we observed two groups of sequences with the homology of approximately 60 % (GenBank, cadA1, cadA2). On the basement of these facts, we designedand performed also additional PCR tests. 77 % strains were positive for speC, 73 % for speC isozyme gene, 60 % for cadA1 and 53 % for cadA2 PCR test. The production of individual amines in tested samples was successfully verified.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Výzkum v chovu skotu

ISSN

0139-7265

e-ISSN

—

Svazek periodika

52

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

7

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—