Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F09%3A00330805" target="_blank" >RIV/60077344:_____/09:00330805 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
čeština
Název v původním jazyce
Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
Popis výsledku v původním jazyce
Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledovánosložení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, Planktomycetales, Verrucomicrobiales), archaea,actinobacteria, proteobacteria, Cytophaga-Flavobacter-Bacteroidetes, sfingobacteria.
Název v anglickém jazyce
Detection of microorganisms in the soil using CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ hybridization)
Popis výsledku anglicky
CARD-FISH protocol (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization) for detection of soil microbial community composition was successfully established in the Institute of Soil Biology. CARD-FISH is the relatively new molecular biologytool permitting to quantify distinct groups of microorganisms by hybridization of specific oligonucleotide probes. Compared to classic FISH-protocol the probe-attached enzyme amplifies the fluorescent signal and enables to detect nearly all microorganisms in soil or in organic compounds. As the first, we used this method to determine the bacterial community composition of a dated layer of guano-heap from Domica Cave (Slovak Carst National Park, Slovakia). We quantified the percentuel composition of Archaea, Eubacteria (Planktomycetales, Verrucomicrobiales included) and major bacterial groups (Actinobacteria, proteobacteria, Cytophaga-Flavobacter-Bacteroidetes, Sphingobacteria).
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
EH - Ekologie – společenstva
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2009
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Sborník příspěvků z mezinárodního semináře Život v půdě X
ISBN
978-80-86525-16-7
ISSN
—
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
—
Název nakladatele
Ústav půdní biologie BC AV ČR
Místo vydání
České Budějovice
Místo konání akce
České Budějovice
Datum konání akce
27. 1. 2009
Typ akce podle státní příslušnosti
EUR - Evropská akce
Kód UT WoS článku
—