Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F09%3A00352505" target="_blank" >RIV/60077344:_____/09:00352505 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Detekce mikroorganismů v půdě a miocénním sedimentu metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)

Popis výsledku v původním jazyce

Pomocí metody CARD-FISH (catalyzed reporter deposition ? fluorescence in situ hybridization) bylo detekováno zastoupení specifických skupin prokaryot (Domény: Archea a Bacteria, Kmeny: Actinobacteria a Firmicutes; methanotrofní bakterie I a II typu) ve dvou odlišných prostředích: v půdě podhorských pastvin (farma Borová, Česká republika) a v miocenním sedimentu (hnědouhelný lom, Sokolov, Česká republika). Výsledky byly porovnány s celkovým počtem bakterií (DAPI) a počtem kolonií bakterií (CFU). Metoda CARD-FISH se ukázala vhodnou pro detekci mikroorganismů v půdě podhorských pastvin. Avšak při detekci mikroorganismů v miocénním sedimentu se nepodařilo zoptimalizovat metodu tak, aby vysoký obsah jílových částic nebránil počítání DAPI obarvených buňek. Fluorescenční signál hybridizovaných buňek byl naopak zřetelný. Na optimalizaci metody se nadále pracuje.

Název v anglickém jazyce

Detection of microorganisms in soil and Miocene sediment using CARD-FISH method (Catalyzed Reporter Deposition ? Fluorescence in situ Hybridization)

Popis výsledku anglicky

The CARD-FISH (catalyzed reporter deposition ? fluorescence in situ hybridization) method together with total bacterial counts (DAPI), colony forming units (CFU) was used to determine the prokaryotic community composition in two different types of samples: upland pasture soil (farm Borová, Czech Republic) and Miocene sediment (Sokolov Brown Coal Basin, Czech Republic). The occurrence of Archaea, Bacteria and major bacterial group (Actinobacteria, Firmicutes) as well as some specific functional groups (type I methanotrophs, type II methanotrophs) were studied. CARD-FISH analysis used to detection of microorganisms in pasture soil was applicable without any problems. Miocene sediment negatively influenced signal intensities of DAPI-stained cells, but nothybridized ones. Strategies for overcoming this problem are developed.

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

EH - Ekologie – společenstva

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Mikrobiológia vody 2009, Zborník prednášok a posterov

ISBN

978-80-970269-9-8

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

—

Název nakladatele

Československá spoločnosť mikrobiologická

Místo vydání

Bratislava

Místo konání akce

Poprad

Datum konání akce

30. 9. 2009

Typ akce podle státní příslušnosti

EUR - Evropská akce

Kód UT WoS článku

—