Metodika detekce PSTVd (Potato spindle tuber viroid) v bramboru a okrasných rostlinách pomocí Real-Time RT-PCR a technologie Luminex.

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60109807%3A_____%2F18%3AN0000044" target="_blank" >RIV/60109807:_____/18:N0000044 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Metodika detekce PSTVd (Potato spindle tuber viroid) v bramboru a okrasných rostlinách pomocí Real-Time RT-PCR a technologie Luminex.

Popis výsledku v původním jazyce

Cílem metodiky bylo vybrat a ve vlastních pokusech validovat a optimalizovat exaktní laboratorní metody detekce a determinace viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (Potato spindle tuber viroid – PSTVd) ve vybraných okrasných rostlinách (Solanum jasminoides, S. muricatum, Brugmansia spp.) a bramboru (Solanum tuberosum). Použité inovované molekulárně-biologické metody, tj. real-time RT-PCR (SYBR Green, TaqMan) a technologie Luminex-xTAG, zvýšily citlivost a specifičnost detekce a determinace PSTVd a zajistily vyšší spolehlivost výsledků. Metoda Luminex-xTAG představuje novou metodu vhodnou pro detekci patogenů na molekulární úrovni s citlivostí srovnatelnou s real-time RT-PCR. Protokoly byly optimalizovány pro použití v běžné diagnostické laboratoři vybavené zařízením pro molekulární biologii. Klíčová slova: Viroidy, Pospiviroid, validace, determinace, laboratorní metody.

Název v anglickém jazyce

Methodology of Potato spindle tuber viroid (PSTVd) detection in potato and ornamental plants using Real-Time RT-PCR and Luminex technology.

Popis výsledku anglicky

The aim of the methodology was to select and validate and optimize exact laboratory methods for detection and determination of potato spindle tuber viroid (PSTVd) in selected ornamental plants (Solanum jasminoides, S. muricatum, Brugmansia spp.) and potato (Solanum tuberosum). The innovated molecular-biological methods, ie real-time RT-PCR (SYBR Green, TaqMan) and Luminex xTAG technology, increased the sensitivity and specificity of PSTVd detection and determination and ensured higher reliability of the results. Method Luminex-xTAG presents a new method suitable for the detection of pathogens at the molecular level with a sensitivity comparable to real-time RT-PCR. The protocols have been optimized for use in a conventional diagnostic laboratory equipped with molecular biology equipment. Key words: Viroids, Pospiviroid, validation, determination, laboratory methods.

Druh

N_metS - Metodiky schválené orgánem státní správy

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

ISBN: 978-80-86940-79-3.

Číslo předpisu

155885/2018

Technické parametry

Certifikovaná metodika je určená pro pracoviště, která se zabývají převážně diagnostikou patogenů rostlin, především pro akreditované diagnostické laboratoře státní správy (Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský), výzkumné ústavy, šlechtitelské organizace a zemědělskou praxi (pěstitelé brambor, zeleniny a okrasných rostlin). Podrobné laboratorní protokoly uvedené v metodice mohou být využity i studenty vysokých škol při výuce fytopatologických předmětů zaměřených na diagnostické metody patogenů. V metodice jsou uvedeny podrobné optimalizované pracovní protokoly umožňující rutinní detekci PSTVd v okrasných rostlinách a bramboru pomocí exaktních metod na molekulární úrovni. Metody Real-Time PCR (TaqMan, Sybr Green) a Luminex xTAG jsou v současnosti nejperspektivnější a to jak z hlediska jejich citlivosti a specifičnosti detekce, tak jsou zárukou lepší eliminace nežádoucích technických chyb. Pro zachování těchto předností se u molekulárních diagnostických metod jeví jako nezbytné izolovat purifikovanou RNA. Současně však existuje možnost výhodné aplikace systému duplex (nezbytná indikace kvality purifikace RNA pomocí interní kontroly) a využití vysoké citlivosti detekce pro hodnocení rozsáhlejších směsných vzorků. S ohledem na tyto přednosti lze, zejména v kontrolní praxi, předpokládat širší uplatnění molekulárních diagnostických metod.

Ekonomické parametry

Pro diagnózu je nezbytné pořízení speciálního přístrojového vybavení jako je termocykler pro Real-Time RT-PCR (400–900 tis. Kč) a systém na vyhodnocení pro Luminex xTAG (1.200 000 Kč). Ceny jsou kalkulovány na základě nejlevnější nabídky spotřebního materiálu, nezahrnují režie a jsou bez DPH. Metoda real-time RT-PCR (zejména postup Sybr Green) je v porovnání s metodou Luminex xTAG v současnosti levnější a zejména jednodušší a rychlejší. Ekonomický přínos certifikované metodiky spolehlivé diagnostiky PSTVd zhodnotí až uživatelé, což jsou převážně šlechtitelské organizace, pěstitelé a množitelé brambor i pěstitelé zeleniny a okrasných rostlin.

Označení certifikačního orgánu

ÚKZÚZ

Datum certifikace

—

Způsoby využití výsledku

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů