Úloha CH/pi interakcí při vazbě substrátu v ß-galaktosidase z Escherichia coli

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F04%3A00012882" target="_blank" >RIV/60461373:22330/04:00012882 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Role of CH/pi interactions in substrate binding by Escherichia coli ß-galactosidase

Popis výsledku v původním jazyce

Interactions between carbohydrates and aromatic amino-acid residues are often observed in structures of carbohydrate-protein complexes. They are characterized by an orientation of the pyranose or furanose ring parallel with the aromatic ring of amino-acid residues. An important role in the formation of these complexes is supposed to be played by CH/pi interactions. This paper presents an ab initio quantum chemistry study of CH/pi interactions between beta-galactosidase from E. coli and its substrates and products. The energy stabilizing the interaction between Trp999 residue and substrate bound in the shallow binding mode was calculated at the MP2/6-31+G(d) level as 5.2kcalmol(-1) for the glucose moiety of allolactose, 2.4kcalmol(-1) for the galactosemoiety of allolactose and 5.0kcalmol(-1) for the glucose moiety of lactose. The energy stabilizing the interaction between Trp568 residue and galactose in the deep binding mode was calculated as 2.7kcalmol(-1). Interaction energies at the

Název v anglickém jazyce

Role of CH/pi interactions in substrate binding by Escherichia coli ß-galactosidase

Popis výsledku anglicky

Interactions between carbohydrates and aromatic amino-acid residues are often observed in structures of carbohydrate-protein complexes. They are characterized by an orientation of the pyranose or furanose ring parallel with the aromatic ring of amino-acid residues. An important role in the formation of these complexes is supposed to be played by CH/pi interactions. This paper presents an ab initio quantum chemistry study of CH/pi interactions between beta-galactosidase from E. coli and its substrates and products. The energy stabilizing the interaction between Trp999 residue and substrate bound in the shallow binding mode was calculated at the MP2/6-31+G(d) level as 5.2kcalmol(-1) for the glucose moiety of allolactose, 2.4kcalmol(-1) for the galactosemoiety of allolactose and 5.0kcalmol(-1) for the glucose moiety of lactose. The energy stabilizing the interaction between Trp568 residue and galactose in the deep binding mode was calculated as 2.7kcalmol(-1). Interaction energies at the

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CE - Biochemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/GA204%2F02%2F0843" target="_blank" >GA204/02/0843: Komplexní studium chladového přizpůsobení enzymů na molekulární úrovni a jejich uplatnění v biotechnologických procesech</a><br>

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2004

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Carbohydrate Research

ISSN

0008-6215

e-ISSN

—

Svazek periodika

339

Číslo periodika v rámci svazku

13

Stát vydavatele periodika

BE - Belgické království

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

2275-2280

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—