Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Amino Acid Interactions (INTAA) web server v2.0: a single service for computation of energetics and conservation in biomolecular 3D structures

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F21%3A00544133" target="_blank" >RIV/61388963:_____/21:00544133 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216208:11320/21:10432920

  • Výsledek na webu

    <a href="https://doi.org/10.1093/nar/gkab377" target="_blank" >https://doi.org/10.1093/nar/gkab377</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkab377" target="_blank" >10.1093/nar/gkab377</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Amino Acid Interactions (INTAA) web server v2.0: a single service for computation of energetics and conservation in biomolecular 3D structures

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Interactions among amino acid residues are the principal contributor to the stability of the three-dimensional structure of a protein. The Amino Acid Interactions (INTAA) web server (https://bioinfo.uochb.cas.cz/INTAA/) has established itself as a unique computational resource, which enables users to calculate the contribution of individual residues in a biomolecular structure to its total energy using a molecular mechanical scoring function. In this update, we describe major additions to the web server which help solidify its position as a robust, comprehensive resource for biomolecular structure analysis. Importantly, a new continuum solvation model was introduced, allowing more accurate representation of electrostatic interactions in aqueous media. In addition, a low-overhead pipeline for the estimation of evolutionary conservation in protein chains has been added. New visualization options were introduced as well, allowing users to easily switch between and interrelate the energetic and evolutionary views of the investigated structures.

  • Název v anglickém jazyce

    Amino Acid Interactions (INTAA) web server v2.0: a single service for computation of energetics and conservation in biomolecular 3D structures

  • Popis výsledku anglicky

    Interactions among amino acid residues are the principal contributor to the stability of the three-dimensional structure of a protein. The Amino Acid Interactions (INTAA) web server (https://bioinfo.uochb.cas.cz/INTAA/) has established itself as a unique computational resource, which enables users to calculate the contribution of individual residues in a biomolecular structure to its total energy using a molecular mechanical scoring function. In this update, we describe major additions to the web server which help solidify its position as a robust, comprehensive resource for biomolecular structure analysis. Importantly, a new continuum solvation model was introduced, allowing more accurate representation of electrostatic interactions in aqueous media. In addition, a low-overhead pipeline for the estimation of evolutionary conservation in protein chains has been added. New visualization options were introduced as well, allowing users to easily switch between and interrelate the energetic and evolutionary views of the investigated structures.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2021

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Nucleic Acids Research

  • ISSN

    0305-1048

  • e-ISSN

    1362-4962

  • Svazek periodika

    49

  • Číslo periodika v rámci svazku

    W1

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    6

  • Strana od-do

    "W15"-"W20"

  • Kód UT WoS článku

    000672775800003

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85110328177