Amino Acid Interactions (INTAA) web server v2.0: a single service for computation of energetics and conservation in biomolecular 3D structures
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F21%3A00544133" target="_blank" >RIV/61388963:_____/21:00544133 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216208:11320/21:10432920
Výsledek na webu
<a href="https://doi.org/10.1093/nar/gkab377" target="_blank" >https://doi.org/10.1093/nar/gkab377</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkab377" target="_blank" >10.1093/nar/gkab377</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Amino Acid Interactions (INTAA) web server v2.0: a single service for computation of energetics and conservation in biomolecular 3D structures
Popis výsledku v původním jazyce
Interactions among amino acid residues are the principal contributor to the stability of the three-dimensional structure of a protein. The Amino Acid Interactions (INTAA) web server (https://bioinfo.uochb.cas.cz/INTAA/) has established itself as a unique computational resource, which enables users to calculate the contribution of individual residues in a biomolecular structure to its total energy using a molecular mechanical scoring function. In this update, we describe major additions to the web server which help solidify its position as a robust, comprehensive resource for biomolecular structure analysis. Importantly, a new continuum solvation model was introduced, allowing more accurate representation of electrostatic interactions in aqueous media. In addition, a low-overhead pipeline for the estimation of evolutionary conservation in protein chains has been added. New visualization options were introduced as well, allowing users to easily switch between and interrelate the energetic and evolutionary views of the investigated structures.
Název v anglickém jazyce
Amino Acid Interactions (INTAA) web server v2.0: a single service for computation of energetics and conservation in biomolecular 3D structures
Popis výsledku anglicky
Interactions among amino acid residues are the principal contributor to the stability of the three-dimensional structure of a protein. The Amino Acid Interactions (INTAA) web server (https://bioinfo.uochb.cas.cz/INTAA/) has established itself as a unique computational resource, which enables users to calculate the contribution of individual residues in a biomolecular structure to its total energy using a molecular mechanical scoring function. In this update, we describe major additions to the web server which help solidify its position as a robust, comprehensive resource for biomolecular structure analysis. Importantly, a new continuum solvation model was introduced, allowing more accurate representation of electrostatic interactions in aqueous media. In addition, a low-overhead pipeline for the estimation of evolutionary conservation in protein chains has been added. New visualization options were introduced as well, allowing users to easily switch between and interrelate the energetic and evolutionary views of the investigated structures.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Nucleic Acids Research
ISSN
0305-1048
e-ISSN
1362-4962
Svazek periodika
49
Číslo periodika v rámci svazku
W1
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
"W15"-"W20"
Kód UT WoS článku
000672775800003
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85110328177