Dynamics and Hydration of the Active Sites of Mammalian Cytochromes P450 Probed by Molecular Dynamics Simulations
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F12%3A33141140" target="_blank" >RIV/61989592:15310/12:33141140 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61989592:15110/12:33141140 RIV/61989592:15310/12:33138628
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.2174/138920012798918408" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.2174/138920012798918408</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.2174/138920012798918408" target="_blank" >10.2174/138920012798918408</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Dynamics and Hydration of the Active Sites of Mammalian Cytochromes P450 Probed by Molecular Dynamics Simulations
Popis výsledku v původním jazyce
The flexibility, active site volume, solvation, and access path dynamics of six metabolically active mammalian cytochromes P450 (human 2A6, 2C9, 2D6, 2E1, 3A4 and rabbit 2B4) are extensively studied using molecular dynamics (MD) simulations. On average,the enzymes' overall structures equilibrate on a 50+ ns timescale. The very open CYP2B4 structure closes slowly over the course of the simulation. The volumes of the active sites fluctuate by more than 50% during the MD runs; these fluctuations are mainly due to movements of the main chains, with only a handful of amino acid residues in CYP2B4, CYP2D6, CYP2A6 and CYP2C9 showing significant independent side chain movement. The volume of the active site of CYP2E1 fluctuates heavily, ranging from 220 to 1310 ?3, due to the opening and closing of gates to two adjacent cavities. CYP2E1 has the least hydrated active site of the studied CYPs; this is consistent with its preference for non-polar substrates. The CYP2A6 and CYP2E1 active sites ar
Název v anglickém jazyce
Dynamics and Hydration of the Active Sites of Mammalian Cytochromes P450 Probed by Molecular Dynamics Simulations
Popis výsledku anglicky
The flexibility, active site volume, solvation, and access path dynamics of six metabolically active mammalian cytochromes P450 (human 2A6, 2C9, 2D6, 2E1, 3A4 and rabbit 2B4) are extensively studied using molecular dynamics (MD) simulations. On average,the enzymes' overall structures equilibrate on a 50+ ns timescale. The very open CYP2B4 structure closes slowly over the course of the simulation. The volumes of the active sites fluctuate by more than 50% during the MD runs; these fluctuations are mainly due to movements of the main chains, with only a handful of amino acid residues in CYP2B4, CYP2D6, CYP2A6 and CYP2C9 showing significant independent side chain movement. The volume of the active site of CYP2E1 fluctuates heavily, ranging from 220 to 1310 ?3, due to the opening and closing of gates to two adjacent cavities. CYP2E1 has the least hydrated active site of the studied CYPs; this is consistent with its preference for non-polar substrates. The CYP2A6 and CYP2E1 active sites ar
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Current Drug Metabolism
ISSN
1389-2002
e-ISSN
—
Svazek periodika
13
Číslo periodika v rámci svazku
2
Stát vydavatele periodika
NL - Nizozemsko
Počet stran výsledku
13
Strana od-do
177-189
Kód UT WoS článku
000300417500006
EID výsledku v databázi Scopus
—