Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Dynamics and Hydration of the Active Sites of Mammalian Cytochromes P450 Probed by Molecular Dynamics Simulations

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F12%3A33141140" target="_blank" >RIV/61989592:15310/12:33141140 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61989592:15110/12:33141140 RIV/61989592:15310/12:33138628

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.2174/138920012798918408" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.2174/138920012798918408</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.2174/138920012798918408" target="_blank" >10.2174/138920012798918408</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Dynamics and Hydration of the Active Sites of Mammalian Cytochromes P450 Probed by Molecular Dynamics Simulations

  • Popis výsledku v původním jazyce

    The flexibility, active site volume, solvation, and access path dynamics of six metabolically active mammalian cytochromes P450 (human 2A6, 2C9, 2D6, 2E1, 3A4 and rabbit 2B4) are extensively studied using molecular dynamics (MD) simulations. On average,the enzymes' overall structures equilibrate on a 50+ ns timescale. The very open CYP2B4 structure closes slowly over the course of the simulation. The volumes of the active sites fluctuate by more than 50% during the MD runs; these fluctuations are mainly due to movements of the main chains, with only a handful of amino acid residues in CYP2B4, CYP2D6, CYP2A6 and CYP2C9 showing significant independent side chain movement. The volume of the active site of CYP2E1 fluctuates heavily, ranging from 220 to 1310 ?3, due to the opening and closing of gates to two adjacent cavities. CYP2E1 has the least hydrated active site of the studied CYPs; this is consistent with its preference for non-polar substrates. The CYP2A6 and CYP2E1 active sites ar

  • Název v anglickém jazyce

    Dynamics and Hydration of the Active Sites of Mammalian Cytochromes P450 Probed by Molecular Dynamics Simulations

  • Popis výsledku anglicky

    The flexibility, active site volume, solvation, and access path dynamics of six metabolically active mammalian cytochromes P450 (human 2A6, 2C9, 2D6, 2E1, 3A4 and rabbit 2B4) are extensively studied using molecular dynamics (MD) simulations. On average,the enzymes' overall structures equilibrate on a 50+ ns timescale. The very open CYP2B4 structure closes slowly over the course of the simulation. The volumes of the active sites fluctuate by more than 50% during the MD runs; these fluctuations are mainly due to movements of the main chains, with only a handful of amino acid residues in CYP2B4, CYP2D6, CYP2A6 and CYP2C9 showing significant independent side chain movement. The volume of the active site of CYP2E1 fluctuates heavily, ranging from 220 to 1310 ?3, due to the opening and closing of gates to two adjacent cavities. CYP2E1 has the least hydrated active site of the studied CYPs; this is consistent with its preference for non-polar substrates. The CYP2A6 and CYP2E1 active sites ar

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2012

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Current Drug Metabolism

  • ISSN

    1389-2002

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    13

  • Číslo periodika v rámci svazku

    2

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    13

  • Strana od-do

    177-189

  • Kód UT WoS článku

    000300417500006

  • EID výsledku v databázi Scopus